Pi
0.0215
MarkerSeek score
52.40
Primer available
yes
Label
ndhF
Feature Metadata
Pi Curve
Alignment Viewer
1
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101
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201
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301
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401
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501
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601
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701
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801
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Salvia_pachyphylla_12 AAGAAGCATTTTGATTTCCGCTGTAATTTTGAAAATGAATGTTTAAATGGCCTTCAAAAGTAAGCAAATAGATGCGAAACATATAAAATGCCGTTAATCC
Salvia_pratensis_13 AAGAAGCATTTTGATTTCCGCTATAATTTTGAAAATGAACGTTTAAATGGCCTTCAAAAGTAAGCAAATAGATGCGAAACATATAAAATGCAGTTAATCC
Salvia_saccardiana_14 AAGAAGCATTTTGATTTCCGCTATAATTTTGAAAATGAACGTTTAAATGGCCTTCAAAAGTAAGCAAATAGATGCGAAACATATAAAATGCAGTTAATCC
Salvia_sonomensis_15 AAGAAGCATTTTGATTTCCGCTGTAATTTTGAAAATGAATGTTTAAATGGCCTTCAAAAGTAAGCAAATAGATGCGAAACATATAAAATGCCGTTAATCC
Salvia_spathacea_16 AAGAAGCATTTTGATTTCCGCTGTAATTTTGAAAATGAATGTTTAAATGGCCTTCAAAAGTAAGCAAATAGATGCGAAACATATAAAATGCCGTTAATCC
Salvia_verbenaca_17 AAGAAGCATTTTGATTTCCGCTATAATTTTGAAAATGAACGTTTAAATGGCCTTCAAAAGTAAGCAAATAGATGCGAAACATATAAAATGCAGTTAATCC
Salvia_xanthocheila_18 AAGAAGCATTTTGATTTCCGCTATAATTTTGAAAATGAACGTTTAAATGGCCTTCAAAAGTAAGCAAATAGATGCGAAACATATAAAATGCAGTTAATCC
901
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Salvia_spathacea_16 TGCGGTGGCCCAAGCTATTACTGCAAAAATTGGCGAATACAACCAACTCTCATTAAGAATTTCATCTTTTGACCAAAAACAAGCAAGAGGCGGAATACCA
Salvia_verbenaca_17 TGCGGTGGCCCAAGCTATTATTGCGAAAATTGGTGAATACAACCAACTATCATTAAGAATTTCATCTTTTGACCAAAAACAAGCAAGAGGGGGAATACCA
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1001
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Salvia_kronenburgii_8 CAAAGAGAAAGTGTACCTAAAAAAAAAGAAGTTTTGGTAATCGGTACATGTTTTGTTAAACCACCCATAAGAACCATATTCTGACTTTTATCCGGAGAAT
Salvia_limbata_9 CAAAGAGAAAGTGTACCTAAAAAAAAAGACGTTTTGGTAATCGGTACATGTTTTGTTAAACCGCCCATAAGAACCATATTCTGACTTTTATCCGGAGAAT
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1101
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Salvia_kronenburgii_8 AGCCAACAACAGTTTCCATTGAATGAATAACGGACCCAGACCCTAAAAATAATAATGCTTTGGAATAAGCATGAGTAATCAAATGAAATAAAGCACTTCG
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Salvia_mohavensis_10 AGCCAACAACAGTTTCCATTGAATGAATAACGGACCCAGACCCTAAAAATAATAATGCTTTGGAATAAGCATGAGTAATCAAATGAAATAAAGCACTTCG
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1201
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1301
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Salvia_huberi_7 GCTCCTAATAATAGTGTTATTATGCCTATCAACGAGATTAAATTCATTATATGGGGTATAACCATAAAAAGAGGGAGAAGGCGAGCTACAAGAAAAATCC
Salvia_kronenburgii_8 GCTCCTAATAATAGTGTTATTATGCCTATCAACGAGATTAAATTCATTATATGGGGTATAACCATAAAAAGAGGGAGAAGGCGAGCTACAAGAAAAATCC
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Salvia_mohavensis_10 GCTCCTAATAATAGTGTTATTGTGCCTATCAACGAGATTAAATTCATTATATGGGGTATAACCACGAAAAGAGGGAGAAGGCGAGCTACAAGAAAAATCC
Salvia_officinalis_subsp GCTCCTAATAATAGTGTTATTATGCCTATCAACGAGATTAAATTCATTATATGGGGTATAACCATAAAAAGAGGGAGAAGGCGAGCTACAAGAAAAATCC
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1401
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Salvia_dorrii_4 CCGCTGCTACCATAGTAGCAGCGTGTATAAGAGCCGAAATAGGAGTGGGTCCCTCCATAGCATCAGGTAACCACACATGAAGGGGAAATTGTGCAGACTT
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Salvia_fruticosa_6 CCGCTGCTACCATAGTAGCAGCGTGTATAAGAGCCGAAATAGGAGTGGGTCCCTCCATAGCATCAGGTAACCATACATGAAGAGGAAATTGTGCAGACTT
Salvia_huberi_7 CCGCTGCTACCATAGTAGCAGCGTGTATAAGAGCCGAAATAGGAGTGGGTCCCTCCATAGCATCAGGTAACCATACATGAAGAGGAAATTGTGCAGACTT
Salvia_kronenburgii_8 CCGCTGCTACCATAGTAGCAGCGTGTATAAGAGCCGAAATAGGAGTGGGTCCCTCCATAGCATCAGGTAACCATACATGAAGAGGAAATTGTGCAGACTT
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1501
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Salvia_pratensis_13 CAAAATTCAAAACTACCTGTTATCCAATAAAAACCTAAAATTCCTAATAATAAACCAAAATCCCCTACACGGTTAGTTACAAATGCTTTTTGACAAGCAT
Salvia_saccardiana_14 CAAAATTCAAAACTACCTGTTATCCAATAAAAACCTAAAATTCCTAATAATAAACCAAAATCCCCTACACGGTTAGTTACAAATGCTTTTTGACAAGCAT
Salvia_sonomensis_15 CGAAATTCAAAACTACCTGTTATCCAATAAAAACCTAAAATTCCTAATAATAAACCAAAATCCCCTACACGGTTAGTTACAAATGCTTTTTGACAAGCAT
Salvia_spathacea_16 CGAAATTCAAAACTACCTGTTATCCAATAAAAACCTAAAATTCCTAATAATAAACCAAAATCCCCTACACGGTTAGTTACAAATGCTTTTTGACAAGCAT
Salvia_verbenaca_17 CAAAATTCAAAACTACCTGTTATCCAATAAAAACCTAAAATTCCTAATAATAAACCAAAATCCCCTACACGGTTAGTTACAAATGCTTTTTGACAAGCAT
Salvia_xanthocheila_18 CAAAATTCAAAACTACCTGTTATCCAATAAAAACCTAAAATTCCTAATAATAAACCAAAATCCCCTACACGGTTAGTTACAAATGCTTTTTGACAAGCAT
1701
Salvia_aethiopis_1 TTGCCGCAGGAGGTCGCGTAAACCAAAAACCTATTAATAGATAGGAACACATTCCAACCAATTCCCAAAAAAAATAAATTTGTATCAAATTTGAACTAGT
Salvia_amarissima_2 TTGACGCAGGAGGTCGCGTAAACCAAAACCCTATTAATAGATAGGAACACATTCCAACCAGTTCCCAAAAAAAATAAATTTGTATCAAATTTGAACTAGT
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1801
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1901
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2001
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2101
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Haplotype Network
Species Separation
Primer Ranking
| Primer ID | fwd_seq | rev_seq | fwd_gc | rev_gc | fwd_tm | rev_tm | amplicon_size | cross_species_success_rate | primer_score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ndhF_p1 | ACAGGAACAAGAGGGATCCA | CTTTTAACGCCGCCCAATAG | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 57.5 | 2974-2999 bp | 1.0 | 82.3 |
| ndhF_p2 | AAGAGGGATCCACCGAAGAA | CTTTTAACGCCGCCCAATAG | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 57.5 | 2966-2991 bp | 1.0 | 82.3 |
| ndhF_p3 | ACAGGAACAAGAGGGATCCA | CGCCCAATAGCCTTTCCTTT | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 58.5 | 2964-2989 bp | 1.0 | 81.8 |
| ndhF_p4 | AAGAGGGATCCACCGAAGAA | CGCCCAATAGCCTTTCCTTT | 50.0 | 50.0 | 58.0 | 58.5 | 2956-2981 bp | 1.0 | 81.8 |
| ndhF_p5 | ACAGGAACAAGAGGGATCCA | AAAATGCTTTTAACGCCGCC | 50.0 | 45.0 | 58.0 | 58.6 | 2980-2999 bp | 0.666667 | 66.8 |