Hotspot

ndhC-trnV-UAC

LSC · 49904-50851 · 948 bp

Back to results

Pi 0.0264
MarkerSeek score 70.40
Primer available yes
Label ndhC-trnV-UAC

Feature Metadata

label_name
ndhC-trnV-UAC
feature_type
igs
region
LSC
length_bp
948
variable_sites
83
pi
0.0264
unique_haplotype_count
16
primer_available
yes
alignment_reliability
0.99
markerseek_score
70.40

Pi Curve

Alignment Viewer

                         1                                                                                                   
Salvia_aethiopis_1       AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATACCTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_amarissima_2      AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTGGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_chinensis_3       AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_dorrii_4          AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_eremostachya_5    AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_fruticosa_6       AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAGTTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_huberi_7          AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAGTTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_kronenburgii_8    AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAGTTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_limbata_9         AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATACCTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_mohavensis_10     AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_officinalis_subsp AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAGTTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_pachyphylla_12    AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_pratensis_13      AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATACCTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_saccardiana_14    AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATACCTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_sonomensis_15     AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_spathacea_16      AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATAACTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_verbenaca_17      AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATACCTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
Salvia_xanthocheila_18   AGACGCACTCCTATGAACGTGGAAAATATACCGGATTGGTTGAGTCGAATTGAAGTTGTAAAGTCATCGATACCTAGTTAGTCAAAACAAGAATTCATTT
                         101                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_amarissima_2      TGACGAAAGTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGTAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_chinensis_3       TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTCCAGGGCATATCTCATTTGAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_dorrii_4          TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_eremostachya_5    TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_fruticosa_6       TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_huberi_7          TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_kronenburgii_8    TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_limbata_9         TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_mohavensis_10     TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_officinalis_subsp TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_pachyphylla_12    TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_pratensis_13      TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_saccardiana_14    TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_sonomensis_15     TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_spathacea_16      TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_verbenaca_17      TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
Salvia_xanthocheila_18   TGACCAAACTGTCTAGTTTCCTTTGATTATTGCAGGGCATATCTCATTTCAAGATTTATCGACTGACTTGATCGGGATCCTATTTCCAGTCTACTTCATT
                         201                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       TTTTTAGTTCAATTTTTTTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGCTGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTTGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_amarissima_2      TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTTTTTTCGCCCAAGATTCTTCCTAAAGAAA
Salvia_chinensis_3       TTTTTAGTTCAATTTTCTTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTCTTCCTAAAGAAA
Salvia_dorrii_4          TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTCTTCCTAAAGAAA
Salvia_eremostachya_5    TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTCTTCCTAACGAAA
Salvia_fruticosa_6       TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_huberi_7          TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_kronenburgii_8    TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_limbata_9         TTTTTAGTTCAATTTTTTTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGCTGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTTGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_mohavensis_10     TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTCTTCCTAAAGAAA
Salvia_officinalis_subsp TTTTTGGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_pachyphylla_12    TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAAGATTCTTCCTAAAGAAA
Salvia_pratensis_13      TTTTTAGTTCAATTTTTTTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGCTGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_saccardiana_14    TTTTTAGTTCAATTTTTTTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGCTGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_sonomensis_15     TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAAGATTCTTCCTAAAGAAA
Salvia_spathacea_16      TTTTTAGTTCAATTTTATTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTCTAGATGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTCTTCCTAAAGAAA
Salvia_verbenaca_17      TTTTTAGTTCAATTTTTTTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGCTGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTCGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
Salvia_xanthocheila_18   TTTTTAGTTCAATTTTTTTTAATTGCTTTAGTTAGTATAACTAAAGCTGTTACACTTAGACAAATTTTCTTGTTTTTGCCCAGGATTTTTCCTAAAGAAA
                         301                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCAAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGATGTTTTGATTT
Salvia_amarissima_2      GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAGTTTCGAATTTCTTATTCTTTTGATTATTTTAATTTTCTTTATCAAAAGGTGAGTTCGATATTTTAATTT
Salvia_chinensis_3       GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCAAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATGTGAGTTCGATATTTTGATTT
Salvia_dorrii_4          GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTTAATTTTCTTTATCAAAATGTGAGTTCGATATTTTGATTT
Salvia_eremostachya_5    GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTTAATTTTCTTTCTCAAAATGTGAGTTCGATATTTTGATTT
Salvia_fruticosa_6       GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAA---------GAGGTTTTGATTT
Salvia_huberi_7          GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGAGGTTTTGATTT
Salvia_kronenburgii_8    GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGAGGTTTTGATTT
Salvia_limbata_9         GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCAAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGATGTTTTGATTT
Salvia_mohavensis_10     GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTTCATTTTCTTTATCAAAATGTGAGTTCAATATTTTGATTT
Salvia_officinalis_subsp GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGAGGTTTTGATTT
Salvia_pachyphylla_12    GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTTAATTTTCTTTATCAAAATGTGAGTTCGATATTTTGATTT
Salvia_pratensis_13      GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCAAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGATGTTTTGATTT
Salvia_saccardiana_14    GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCAAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGATGTTTTGATTT
Salvia_sonomensis_15     GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTTAATTTTCTTTATCAAAATGTGAGTTCGATATTTTGATTT
Salvia_spathacea_16      GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCGAATTTATTATTCTTTTGATTATTTTAATTTTCTTTATCAAAATGTGAGTTCGATATTTTGATTT
Salvia_verbenaca_17      GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCAAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGATGTTTTGATTT
Salvia_xanthocheila_18   GCAAATAGAATTATTATTTTGTGTTTAAGAATTTCAAATTTATTATTCTTTTGATTATTTGAATTTTCTTTATCAAAATATGAGTTGGATGTTTTGATTT
                         401                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       TTGCATTTTTTAGTAATAGAGTTGGGCATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_amarissima_2      TTGCATTTTTTAGGAATAGAGTC-GGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATCAAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_chinensis_3       TTTCATTTTTTAGGAATAGAGTCGGGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_dorrii_4          TTGCATTTTTTAGGAATAGAGTC-GGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_eremostachya_5    TTGCATTTTTTAGGAATAGAGTC-GGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_fruticosa_6       TTTCATTTTTTAGGAATAGAATCGGGAATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_huberi_7          TTTCATTTTTTAGGAATAGAATCGGGAATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_kronenburgii_8    TTTCATTTTTTAGGAATAGAATCGGGAATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_limbata_9         TTGCATTTTTTAGTAATAGAGTTGGGCATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_mohavensis_10     TTGCATTTTTTAGGAATAGAGTC-GGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_officinalis_subsp TTTCATTTTTTAGGAATAGAATCGGGAATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_pachyphylla_12    TTGCATTTTTTAGGAATAGAGTC-GGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_pratensis_13      TTGCATTTTTTAGTAATAGAGTTGGGCATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_saccardiana_14    TTGCATTTTTTAGTAATAGAGTTGGGCATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_sonomensis_15     TTGCATTTTTTAGGAATAGAGTC-GGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_spathacea_16      TTGCATTTTTTAGGAATAGAGTC-GGGGTTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTACGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_verbenaca_17      TTGCATTTTTTAGTAATAGAGTTGGGCATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
Salvia_xanthocheila_18   TTGCATTTTTTAGTAATAGAGTTGGGCATTTTTTTCTTAGTAATTTAGAATAGAACAAGTATTCAAATGTCCGAGAATGGGTAGGTATTTCCATCTCAGG
                         501                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACA------GAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_amarissima_2      ATTTCAAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTT
Salvia_chinensis_3       ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTGTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCCTT
Salvia_dorrii_4          ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCCTT
Salvia_eremostachya_5    ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCCTT
Salvia_fruticosa_6       ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTAGTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_huberi_7          ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTAGTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_kronenburgii_8    ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTAGTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_limbata_9         ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACA------GAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_mohavensis_10     ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCCTT
Salvia_officinalis_subsp ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTAGTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_pachyphylla_12    ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCCTT
Salvia_pratensis_13      ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_saccardiana_14    ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_sonomensis_15     ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCCTT
Salvia_spathacea_16      ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCCTT
Salvia_verbenaca_17      ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACAGAAAAAGAAGACCACCCCCCTTA
Salvia_xanthocheila_18   ATTTCGAATATCTTAATCTTAGTGTTGGTATATTCCGTTTATTAGATCTGGGTGGGGTTTTCTCTTGATTGAATACA------GAAGACCACCCCCCTTA
                         601                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_amarissima_2      TTTGTTTTGGTCTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGGAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTCGGC-----------------
Salvia_chinensis_3       TTTGTTTTGGTGTTCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCATATTCA
Salvia_dorrii_4          TTTGTTTTGGTCTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCGCTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_eremostachya_5    TTTGTTTTGGTCTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCGCTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_fruticosa_6       TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCTGGGTATTGGTAAGGTACACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTT--------GCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_huberi_7          TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCTGGGTATTGGTAAGGTACACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTT--------GCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_kronenburgii_8    TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCTGGGTATTGGTAAGGTACACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTT--------GCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_limbata_9         TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_mohavensis_10     TTTGTTTTGGTCTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCGCTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_officinalis_subsp TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCTGGGTATTGGTAAGGTACACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAGCCCCTT--------GCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_pachyphylla_12    TTTGTTTTGGTCTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCGCTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_pratensis_13      TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_saccardiana_14    TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_sonomensis_15     TTTGTTTTGGTCTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCGCTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_spathacea_16      TTTGTTTTGGTCTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCGCTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_verbenaca_17      TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
Salvia_xanthocheila_18   TTTGTTTTGGTGTGCTTCGCCGGGTATTGGTAAGGTATACCAAAGAAAAGGAGTATCACTGGCTTAACCCCTTGATTGTGGGCAGGAAAATTCAT-----
                         701                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       -ATAGAATTTCCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCTGTTTTTTGTATTTTCTGTTCTGC
Salvia_amarissima_2      ----------------------------------------------------------------------------------------------------
Salvia_chinensis_3       TATGGAATTTCCCTCCGATGATTAATGACTAAGGTTTGGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGCTTTTCTGTTCTGC
Salvia_dorrii_4          -ATAGAATTTCCCTCTGATGATTAATGACTAA-----GGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_eremostachya_5    -AGAGAATTTCCCTCTGATGATTAATGACTAA-----GGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_fruticosa_6       -ATAGAATTTCCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGCTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_huberi_7          -ATAGAATTTCCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGCTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_kronenburgii_8    -ATAGAATTTCCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGCTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_limbata_9         -ATAGAATTTCCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCTGTTTTTTGTATTTTCTGTTCTGC
Salvia_mohavensis_10     -ATAGAATTTCCCTCTGATGATTAATGACTAA-----GGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTTGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_officinalis_subsp -ATAGAATTTCCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGCTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_pachyphylla_12    -ATAGAATTTCCCTCTGATGATTAATGACTAA-----GGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_pratensis_13      -AGAGAATTTCCCTCCGATGATTAATAACTAAGATTTGGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCTGTTTTTTGTATTTTCTGTTCTGC
Salvia_saccardiana_14    -AGAGAATTTCCCTCCGATGATTAATAACTAAGATTTGGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCTGTTTTTTGTATTTTCTGTTCTGC
Salvia_sonomensis_15     -ATAGAATTTCCCTCTGATGATTAATGACTAA-----GGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_spathacea_16      -ATAGAATTTCCCTCTGATGATTAATGACTAA-----GGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCCGTTTTTTGGATTTTCTGTTCTGC
Salvia_verbenaca_17      -ATAGAATTTTCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCTCTTGAAATCTGTTTTTTGTATTTTCTGTTCTGC
Salvia_xanthocheila_18   -ATAGAATTTTCCTCCGATGATTAATGACTAAGATTTGGTTTGTTTGGAAAAAAATGGATTCGATCCCTTGAAATCTGTTTTTTGTATTTTCTGTTCTGC
                         801                                                                                                 
Salvia_aethiopis_1       TTTAAACGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTTAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_amarissima_2      ------------------------------------TTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_chinensis_3       TTTAAACGATTCTCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTTGTTTCAATGAAATAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_dorrii_4          TTTAAACGATTCCCGTGAGTTAGTTTTTAGGATAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_eremostachya_5    TTTAAACGATTCCCGTGAGTTAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_fruticosa_6       TTTAAACGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTTGTTTCGATAAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_huberi_7          TTTAAACGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTTGTTTCGATAAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_kronenburgii_8    TTTAAACGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATAAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_limbata_9         TTTAAATGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTTAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_mohavensis_10     TTTAAACGATTCCCGTGAGTTAGTTTTTAGGATAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_officinalis_subsp TTTAAACGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTTGTTTCGATAAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_pachyphylla_12    TTTAAACGATTCCCGTGAGTTAGTTTTTAGGATAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_pratensis_13      TTTAAACGATTCCCGTGAATGAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_saccardiana_14    TTTAAACGATTCCCGTGAATGAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_sonomensis_15     TTTAAACGATTCCCGTGAGTTAGTTTTTAGGATAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_spathacea_16      TTTAAACGATTCCCGTGAGTTAGTTTTTAGGATAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_verbenaca_17      TTTAAACGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTCAGTTACAAGCAACAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
Salvia_xanthocheila_18   TTTAAACGATTCCCGTGAGTGAGTTTTTAGGACAAATTTGGTTTCGATGAACCAACCGGTTAGTTACAAGCAATAAACAAGAATGAAGAAATCAAAATTA
                         901                                             
Salvia_aethiopis_1       TACAATTTTTTATTTC-AAAAAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_amarissima_2      TATAATTTTTTATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_chinensis_3       TACAATTTTTTATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTA
Salvia_dorrii_4          TACAATTTTTGATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCA-TTTTTTT
Salvia_eremostachya_5    TACAATTTTTGATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCA-TTTTTTT
Salvia_fruticosa_6       TACAATTTTTTATTTCAAA-TAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_huberi_7          TACAATTTTTTATTTCAAA-TAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_kronenburgii_8    TACAATTTTTTATTTCAAA-TAAAATAGGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_limbata_9         TACAATTTTTTATTTCAAAAAAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_mohavensis_10     TACAATTTTTGATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCA-TTTTTTT
Salvia_officinalis_subsp TACAATTTTTTATTTCAAA-TAAAATAGGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_pachyphylla_12    TACAATTTTTGATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCA-TTTTTTT
Salvia_pratensis_13      TACAATTTTTTATTTCAAAAAAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_saccardiana_14    TACAA------------------------------------TTTTTTC
Salvia_sonomensis_15     TACAATTTTTGATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCA-TTTTTTT
Salvia_spathacea_16      TACAATTTTTGATTTCAAATGAAAATATGAATTTTATTCA-TTTTTTT
Salvia_verbenaca_17      TACAATTTTTTATTTCAAAAAAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC
Salvia_xanthocheila_18   TACAATTTTTTATTTCAAAAAAAAATATGAATTTTATTCATTTTTTTC

Haplotype Network

Species Separation

Primer Ranking

Primer ID fwd_seq rev_seq fwd_gc rev_gc fwd_tm rev_tm amplicon_size cross_species_success_rate primer_score
ndhC-trnV-UAC_p1 TCATATTCGTAAAGCAAAAACA GTTCGAGTCCGTATAGCCCT 27.3 55.0 52.7 58.7 848-1016 bp 1.0 50.7
ndhC-trnV-UAC_p2 TCATATTCGTAAAGCAAAAACA AGAAGGTCTACGGTTCGAGT 27.3 50.0 52.7 57.8 860-1028 bp 1.0 50.6
ndhC-trnV-UAC_p3 TCATATTCGTAAAGCAAAAACA GAAGGTCTACGGTTCGAGTC 27.3 55.0 52.7 57.5 859-1027 bp 1.0 50.6
ndhC-trnV-UAC_p4 ATCATATTCGTAAAGCAAAAACA AGAAGGTCTACGGTTCGAGT 26.1 50.0 53.3 57.8 861-1029 bp 1.0 50.6
ndhC-trnV-UAC_p5 TCATATTCGTAAAGCAAAAACAT AGAAGGTCTACGGTTCGAGT 26.1 50.0 53.3 57.8 860-1028 bp 1.0 50.6

Downloads

Download FASTA Download CSV