Pi
0.034
MarkerSeek score
74.30
Primer available
yes
Label
trnE-UUC-trnT-GGU
Feature Metadata
Pi Curve
Alignment Viewer
1
Salvia_aethiopis_1 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_amarissima_2 CACCTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTAAAATTGTCAATATAACGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_chinensis_3 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCAGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATAATCAGATCCGAGGGATCTTTCTGTTTT
Salvia_dorrii_4 CACCTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_eremostachya_5 CACCTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_fruticosa_6 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCGGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_huberi_7 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCGGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_kronenburgii_8 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCGGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_limbata_9 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_mohavensis_10 CACCTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_officinalis_subsp CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCGGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_pachyphylla_12 CACCTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_pratensis_13 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTAAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_saccardiana_14 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTAAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_sonomensis_15 CACCTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_spathacea_16 CACCTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_verbenaca_17 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
Salvia_xanthocheila_18 CAACTTGACCAACCGCCCTCATACTATGATCATAGTATGATCCGTTTTTTGAAATTGTCAATATAATGGAATGATCAGATCCGAGGGATCTTTCCGTTTT
101
Salvia_aethiopis_1 TCATAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_amarissima_2 TCATAATTGTATAGAATTTTTGTATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_chinensis_3 TCATAATTGTATAGAATTTTTGGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGGATTCTCTATAGAAATCTGGCAGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_dorrii_4 TCATAATTGTATAGAATTTTTGGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_eremostachya_5 TCATAATTGTATAGAATTTTTGGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_fruticosa_6 TCGTAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTCATGAATCATTCATTAGAATCAACATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_huberi_7 TCGTAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTCATGAATCATTCATTAGAATCAACATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_kronenburgii_8 TCGTAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTCATGAATCATTCATTAGAATCAACATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_limbata_9 TCATAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_mohavensis_10 TCATAATTGTATAGAATTTTTGGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_officinalis_subsp TCGTAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTCATGAATCATTCATTAGAATCAACATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_pachyphylla_12 TCATAATTGTATAGAATTTTTGGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_pratensis_13 TCATAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_saccardiana_14 TCATAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_sonomensis_15 TCATAATTGTATAGAATTTTTGGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_spathacea_16 TCATAATTGTATAGAATTTTTGGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_verbenaca_17 TCATAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
Salvia_xanthocheila_18 TCATAATTGTATAGAATTTTTTGATTCGTCATTCATATTTATGAATCGTTCATTAGAATCAGCATTCTCTATATAAATCTGGCGGGATCAAGAAGTTATC
201
Salvia_aethiopis_1 AAAAATTGTGTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCAATAAAATATCTCAAATTTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_amarissima_2 AAAAATTTTGTTTAAAACTTTTCGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGTAATATATCAAAATTTTTGATATCGAATTGGTAA
Salvia_chinensis_3 AAAAATTTTGTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGAAATATCTCAAAATTTTTGATATCGAATTGGTAA
Salvia_dorrii_4 AAAAATTTTTTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGAAATATCTCAAAATATTTTATATCGAATTGGTAA
Salvia_eremostachya_5 AAAAATTTTGTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGAAATATCTCAAAATATTTTATATCGAATTGGTAA
Salvia_fruticosa_6 AAAAATTTTGTTTAAAACTTTTAGTTC-AGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCCAAAAAATATCTCAAAATTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_huberi_7 AAAAATTTTGTTTAAAACTTTTAGTTC-AGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCCAAAAAATATCTCAAAATTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_kronenburgii_8 AAAAATTTTGTTTAAAACTTTTAGTTC-AGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCCAAAAAATATCTCAAAATTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_limbata_9 AAAAATTGTGTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCAATAAAATATCTCAAATTTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_mohavensis_10 AAAATTTTTTTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGAAATATCTCAAAATATTTTATATCGAATTGGTAA
Salvia_officinalis_subsp AAAAATTTTGTTTAAAACTTTTAGTTC-AGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCCAAAAAATATCTCAAAATTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_pachyphylla_12 AAAAATTTTTTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGAAATATCTCAAAATATTTTATATCGAATTGGTAA
Salvia_pratensis_13 AAAAATTGTGTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCAATAAAATATCTCAATTTTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_saccardiana_14 AAAAATTGTGTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCAATAAAATATCTCAATTTTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_sonomensis_15 AAAAATTTTTTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGAAATATCTCAAAATATTTTATATCGAATTGGTAA
Salvia_spathacea_16 AAAAATTTTTTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAGAATCTCTTCATCACATGATTCAATGAAATATCTCAAAATATTTTATATCGAATTGGTAA
Salvia_verbenaca_17 AAAAATTGTTTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCAATAAAATATCTCAAATTTTTTTATGTCGAATTGGTAA
Salvia_xanthocheila_18 AAAAATTGTGTTTAAAACTTTTAGTTCAAGGGGACAAGTAAAATCTCTTCATCACATGATTCAATAAAATATCTCAAATTTTTTTATGTCGAATTGGTAA
301
Salvia_aethiopis_1 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATT----
Salvia_amarissima_2 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATGAAGTGAATTTGGTTTTAATAAGGATTACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_chinensis_3 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_dorrii_4 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_eremostachya_5 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_fruticosa_6 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGATTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATTCATT
Salvia_huberi_7 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGATTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATTCATT
Salvia_kronenburgii_8 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGATTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATTCATT
Salvia_limbata_9 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATT----
Salvia_mohavensis_10 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_officinalis_subsp GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGATTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATTCATT
Salvia_pachyphylla_12 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_pratensis_13 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATT----
Salvia_saccardiana_14 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATT----
Salvia_sonomensis_15 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_spathacea_16 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTCAATAAAAGAAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGACACAATTCATT
Salvia_verbenaca_17 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATT----
Salvia_xanthocheila_18 GTGTACGTGTATGTTATGTATCAATCAAGTGAATTTTGTTTTAATAAGGATCACCTGAATAAAAGCAATTAGGGCCGGCCTTGTCTTGAAACAATT----
401
Salvia_aethiopis_1 -----CCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATATTACTGTATATAATATATATAATATGTATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_amarissima_2 TTACCCCTTCGAGGCAAATCCATTTGATTATAGCCACTATGAGTCTATTGTATATTACTGTATATACTTTATATATAATATATGTGCATATAGGGATTTT
Salvia_chinensis_3 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTAATTATAGCCACTATGAGTCTTAGGTATATACTTATATATATAATATATATAATATATGTACATATAGAGATTTT
Salvia_dorrii_4 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAGCCACTACGAGTCTATTGTATATTACTGTATAGACTTTATATATAATATATGTGCATATAGGGATTTT
Salvia_eremostachya_5 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAGCCACTACGAGTCTATTGTATATTACTGTATAGACTTTATATATAATATATGTGCATATAGGGATTTT
Salvia_fruticosa_6 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATAT---------TAATATATATATAATATATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_huberi_7 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTAC----------TGTATATAATATATATATAATATATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_kronenburgii_8 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTAC----------AATATATAATATATATATAATATATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_limbata_9 -----CCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATATTACTGTATATA--ATATATAATATGTATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_mohavensis_10 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAGCCACTACGAGTCTATTGTATATTACTGTATAGACTTTATATATAATATATGTGCATATAGGGATTTT
Salvia_officinalis_subsp TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATATTACAATATATAATATATATATAATGTATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_pachyphylla_12 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAGCCACTACGAGTCTATTGTATATTACTGTATAGACTTTATATATAATATATGTGCATATAGGGATTTT
Salvia_pratensis_13 -----CCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATATTACTGTATATAATATATATAATATGTATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_saccardiana_14 -----CCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATATTACTGTATATAATATATATAATATGTATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_sonomensis_15 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAGCCACTACGAGTCTATTGTATATTACTGTATAGACTTTATATATAATATATGTGCATATAGGGATTTT
Salvia_spathacea_16 TTACCCCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAGCCACTACGAGTCTATTGTATATTACTGTATAGACTTTATATATAATATATGTGCATATAGGGATTTT
Salvia_verbenaca_17 -----CCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATATTACTGTATATAATATATATAAT--GTATGTGCATATAGAGATTTT
Salvia_xanthocheila_18 -----CCTTCTAGGCAAATCCATTTGATTATAACCACTACGAGTCTACTGTATATTACTGTATATAATATATATAATATGTATGTGCATATAGAGATTTT
501
Salvia_aethiopis_1 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_amarissima_2 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATAAAATAA
Salvia_chinensis_3 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_dorrii_4 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_eremostachya_5 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_fruticosa_6 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_huberi_7 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_kronenburgii_8 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_limbata_9 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_mohavensis_10 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_officinalis_subsp ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_pachyphylla_12 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_pratensis_13 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_saccardiana_14 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_sonomensis_15 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_spathacea_16 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAAATAA
Salvia_verbenaca_17 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATGAAAAAAAATAA
Salvia_xanthocheila_18 ATCTACAGAGTGACTCGTTCGGGAATTAAATCAACTAA
Haplotype Network
Species Separation
Primer Ranking
| Primer ID | fwd_seq | rev_seq | fwd_gc | rev_gc | fwd_tm | rev_tm | amplicon_size | cross_species_success_rate | primer_score |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| trnE-UUC-trnT-GGU_p1 | GCTGCCTCCTTGAAAGAGAG | GAACCGATGACTTACGCCTT | 55.0 | 50.0 | 58.3 | 58.0 | 641-672 bp | 1.0 | 89.1 |
| trnE-UUC-trnT-GGU_p2 | GCTGCCTCCTTGAAAGAGAG | CCATGGCGTTACTCTACCAC | 55.0 | 55.0 | 58.3 | 58.1 | 620-651 bp | 1.0 | 89.0 |
| trnE-UUC-trnT-GGU_p3 | GCTGCCTCCTTGAAAGAGAG | TGGCGTTACTCTACCACTGA | 55.0 | 50.0 | 58.3 | 58.1 | 617-648 bp | 1.0 | 88.9 |
| trnE-UUC-trnT-GGU_p4 | CCTTCCGTAGTACCCTACCC | GAACCGATGACTTACGCCTT | 60.0 | 50.0 | 58.3 | 58.0 | 681-712 bp | 1.0 | 88.3 |
| trnE-UUC-trnT-GGU_p5 | CTTCCGTAGTACCCTACCCC | GAACCGATGACTTACGCCTT | 60.0 | 50.0 | 58.3 | 58.0 | 680-711 bp | 1.0 | 88.3 |